L'unité "Coordination de la référence" a pour mission l'harmonisation, l'optimisation et l'évaluation des méthodes de diagnostic (dites « méthodes d'analyses »). Les compétences ainsi mobilisées amènent l’unité à jouer un rôle pilote dans des projets collaboratifs à dimension internationale et avec des partenariats public-privé.

Elle gère également l’organisation des prestations d'analyses réglementaires assumées par les unités thématiques et techniques du laboratoire de Santé des végétaux et veille ainsi à la qualité et à la fiabilité des prestations d'analyses. 

Enfin, elle assure un appui sur les bilans liés aux indicateurs d’activités, les formations des personnels des laboratoires agréés et les transferts de compétences et coordonne le management de la qualité au sein des différentes unités thématiques et techniques du LSV.