« Pourquoi la tuberculose bovine persiste dans certaines régions françaises et pas dans d’autres ? » - Portait du doctorant Ciriac Charles
Chaque année, l’Anses organise des journées d’échanges sur des travaux de recherche en cours ou récemment terminés, afin d’encourager les interactions entre les équipes scientifiques. À cette occasion, les doctorants accueillis à l’Agence présentent leurs thèses. Ciriac Charles a obtenu le prix du meilleur poster 2021 des doctorants de l’Anses. Découvrez son parcours et ses recherches.
Quel est votre parcours ?
J’ai réalisé ma licence et mon master à la Faculté des sciences fondamentales et appliquées de l’université de Poitiers, avant d’arriver lors de ma dernière année de master à Paris, pour réaliser une alternance dans le laboratoire d’Eau de Paris. J’ai ensuite débuté ma thèse sur la tuberculose bovine à l’Anses, au laboratoire de santé animale à Maisons-Alfort, sous la direction de Maria Laura Boschiroli, en co-direction avec Franck Biet de l’Inrae. Cette thèse est cofinancée par le projet Pembo (From genotype to phenotype: patho-evolution of Mycobacterium bovis French strains) du One Health European Joint Programme et par l’Anses.
Sur quoi porte votre thèse?
Le sujet de ma thèse porte sur la caractérisation de souches de Mycobacterium bovis (M. bovis) françaises à l’origine des foyers de tuberculose bovine. Cette maladie, qui a pour hôte principal les bovins, peut également se transmettre à l’Homme. Elle a un fort impact économique, notamment parce qu’elle restreint les échanges d’animaux. Depuis 2001, suite à une campagne de lutte et d’éradication mise en place en France dans les années 60, le pays est indemne de tuberculose bovine. Toutefois, ce statut est menacé ces dernières années par une augmentation faible mais constante du nombre de foyers bovins. Cette progression pourrait s’expliquer en partie par la présence de la maladie dans la faune sauvage (blaireaux, sangliers …). Les foyers de tuberculose bovine français sont aujourd’hui très localisés, provoqués par des souches avec des génotypes exclusifs et spécifiques de certaines régions. La question est donc de savoir pourquoi ces génotypes ont pu persister dans ces régions alors qu’a contrario d’autres régions où la tuberculose était très inféodée dans le passé sont indemnes depuis de longues années et la maladie semble y avoir été éradiquée.
Pour répondre à cette question, nous voulons obtenir des nouveaux génomes de référence des souches représentatives de l’histoire de la tuberculose bovine française, et notamment de celles qui affectent les régions les plus touchées par la maladie ces dernières années. L’obtention de génomes complets pourrait permettre d’expliquer le succès épidémiologique de certains génotypes, en identifiant des modifications sur certains gènes ou régions d’importance impliqués dans la virulence ou la persistance de la bactérie.
Notre étude a également pour but de définir plus finement les groupes de M. bovis pour comprendre leur évolution en France. Nous visons aussi l’amélioration du suivi et de la modélisation de la transmission de l’infection, par des études d’épidémiologie génomique dans les zones où les méthodes de génotypage classiques ne nous permettent pas de différencier les souches qui sont proches.
Qu’est-ce qui vous a paru le plus difficile pour présenter votre thèse dans un poster ?
Le plus difficile est la sélection d’information que l’on veut présenter. J’aurais voulu inclure davantage de données, mais dans ce genre d’exercice, il faut être concis et clair pour être impactant et ne pas perdre le public.
Avez-vous des conseils pour les prochains doctorants qui se livreront à cet exercice ?
Le conseil que je pourrais donner aux prochains participants est d’essayer de raconter « une histoire » pour présenter son poster. Il doit être facile à lire et les informations doivent s’enchaîner logiquement pour accompagner le lecteur.